Términos comunes en oncología genómica
El cáncer de mama y ovario son las formas más comunes de cáncer en mujeres. Se estima que una de cada ocho mujeres podría desarrollar cáncer de mama a lo largo de su vida.
Si bien la tasa de mortalidad del cáncer de mama ha disminuido en las últimas dos décadas, sigue siendo la principal causa de muerte relacionada con el cáncer en las mujeres.
El cáncer de ovario, aunque es menos común, presenta una mayor tasa de mortalidad debido al estadio avanzado en el momento del diagnóstico o a la falta de estrategias de tamizaje efectivas.
El cáncer de mama y de ovario hereditario (HBOC) representan entre 5 y 10% de todos los cánceres de mama y de ovario. Las mutaciones en los genes BRCA1 o BRCA2 son responsables de la mayoría de los casos de HBOC. Sin embargo, también se han identificado mutaciones en otros genes que muestran diversos grados de penetrancia en el síndrome de HBOC, lo que incrementa el riesgo de desarrollarlo. Las personas con HBOC también pueden presentar un mayor riesgo de padecer otros tipos de cáncer, incluidos el de páncreas, el de próstata y el melanoma.
Investigaciones de genes asociados con el riesgo pueden confirmar un diagnóstico y ayudar a guiar la detección, prevención y estrategias terapéuticas para los pacientes y su familia, con el fin último de reducir la mortalidad.
Cáncer que empieza en el tejido que forma la sangre, como la médula ósea, o en las células del sistema inmunitario. Entre estos se encuentra la leucemia, el linfoma y el mieloma múltiple. También se llama cáncer de la sangre.
Mide la cantidad de mutación por 1 mega de bases (MB) acumuladas en una célula. Es una medida indirecta de los neoantígenos presentes en el tumor. Estos se generan a partir de las proteínas mutadas debido a alteraciones genéticas durante el desarrollo tumoral.
Necesitamos secuencias de un mínimo de un millón de bases (1MB) para obtener la carga mutacional del tumor, por ello, el uso de paneles pequeños no es factible.
Pacientes con carga mutacional alta (TMB-High) son candidatos ideales para recibir inmunoterapia anti PD-1.
Existen otros dos biomarcadores, cuyo uso se ha incrementado especialmente en cáncer de ovario y próstata: Reparación por recombinación homóloga (HRR: Homologous recombination repair), y Deficiencia de recombinación homóloga (HRD: Homologous recombination deficiency).
Reparación por recombinación homóloga (HRR: Homologous recombination repair). Brinda información sobre los genes responsables de la vía de reparación por recombinación homóloga. La recombinación homóloga es un tipo de recombinación genética en que parte de la secuencia se intercambia entre dos moléculas similares o idénticas de ADN. Es la más utilizada por las células para reparar roturas producidas en ambas hebras de ADN, conocidas como rupturas de doble hebra.
Deficiencia de recombinación homóloga (HRD: Homologous recombination deficiency). Mide el estatus de la reparación por recombinación homóloga y brinda una medida de la deficiencia del mecanismo.
En el contexto de la oncología de precisión, los diagnósticos complementarios son herramientas médicas diseñadas para identificar el subconjunto de pacientes con mayor probabilidad de responder y beneficiarse de un tratamiento sistémico.
Genes que mantienen el control del crecimiento celular, reparan errores en al ADN y provocan apoptosis (muerte celular programada). Producen una proteína supresora de tumores que controla el ciclo celular.
Representan una deficiencia en los mecanismos de reparación del ADN. Pacientes con inestabilidad en microsatélites alta (MSI-H) son buenos candidatos para la inmunoterapia. Por ejemplo, pacientes con MSI-H pueden ser tratados con Pembrolizumab. Pacientes con tumores sólidos que presentan la fusión Receptor neurotrófico tirosina quinasa (NTRK) pueden ser tratados con Larotrectinib y Entrectinib.
La leucemia es un término amplio para los cánceres de las células sanguíneas. El tipo de leucemia depende del tipo de glóbulo que se convierte en cáncer y de si crece de forma rápida o lenta. La leucemia se presenta con mayor frecuencia en adultos mayores de 55 años, pero también es el cáncer más común en niños menores de 15.
Una mutación es el cambio al azar en la secuencia de nucleótidos o en la organización del ADN (genotipo) o ARN de un ser vivo.
En medicina, el término “mutación” se refiere al cambio en la secuencia de ADN que produce una enfermedad.
Variación de un solo nucleótido: Variación en la secuencia de ADN que ocurre cuando se altera un solo nucleótido (adenina, timina, citocina o guanina).
Inserciones /deleciones: Una inserción cambia la secuencia de ADN en un gen al agregar uno o más nucleótidos al gen; por lo contrario, una deleción cambia la secuencia de ADN al eliminar al menos un nucleótido en un gen.
La variación en el número de copias es un tipo de variación estructural en un fragmento de ADN, que se duplica en algunas personas, y que en ocasiones incluso se triplica o cuadruplica.
Fusiones: unión de partes de dos genes diferentes.
Necesarias para la aparición del cáncer o su propagación.
Mutaciones presentes en todas las células cancerosas de un paciente.
Mutaciones pasajeras que tienen lugar dentro de las células tumorales. Pueden convertirse en oportunistas, favoreciendo algunas células cancerígenas luego de hacer frente a tratamientos, pero no desarrollan el cáncer.
Mutaciones presentes en un grupo de células cancerosas de un paciente.
Son mutaciones raras con las cuales los portadores presentan síntomas. Son consideradas de alto riesgo.
La penetrancia se refiere a la proporción de personas con un cambio genético particular (como una mutación en un gen específico), que presentan signos y síntomas de un trastorno genético.
Son mutaciones raras con las cuales los portadores presentan síntomas. Son consideradas de alto riesgo.
La penetrancia se refiere a la proporción de personas con un cambio genético particular (como una mutación en un gen específico) que presentan signos y síntomas de un trastorno genético.
Permiten clasificar el tumor y evaluar el riesgo del paciente
Permiten evaluar el riesgo luego de la terapia.
Permiten evaluar la respuesta al tratamiento y predecir efectos adversos.
Permiten evaluar la respuesta la recaída o recurrencia.
Mutación germinal: presente en todas las células del cuerpo.
Mutación somática: presente en las células del tumor.
No todas las mutaciones en un mismo gen tienen las mismas propiedades biológicas ni las mismas implicaciones clínicas.
El éxito de las estrategias de oncología de precisión requiere del hallazgo y diferenciación de mutaciones oncogénicas clínicamente accionables, de las variaciones genéticas benignas. Esto para comprender cómo las diferencias en las propiedades biológicas de los alelos mutantes de cada paciente influyen en la respuesta al tratamiento y los resultados del paciente.
Existe un subconjunto de mutaciones oncogénicas que son biomarcadores predictivos de respuesta a fármacos, comúnmente llamadas “mutaciones clínicamente accionables”.
Es un gen anormal que procede de una mutación en un alelo de un gen normal.
El proceso de usar datos genómicos en el análisis de un tumor del paciente para mejorar la comprensión y clasificación del tumor, y realizar una adecuada selección del tratamiento (terapia dirigida).
Pacientes con tumores diferentes con el mismo cambio genético reciben una terapia dirigida a esa mutación, sin importar el tipo de cáncer. La carga mutacional del tumor (TMB: tumor mutational burden) y la inestabilidad de los microsatélites (MSI: microsatellite instability) son dos biomarcadores agnósticos.
Biopsias sólidas. Muestra de tejido del tumor. Éstas pueden ser tejido fresco, pero generalmente están fijadas en formol y embebidas en parafina. En la actualidad, son el tipo de muestra estándar para el diagnóstico, prognosis y predicción de tumores.
Las biopsias son una foto de la situación del tumor y son invasivas. Presentan heterogeneidad intratumoral; es decir, tenemos diferentes tipos de células que pueden tener distinta carga tumoral.
En algunos tipos de tumores, como el cáncer de pulmón, la biopsia es un proceso difícil, por lo que en muchas situaciones tomar otra biopsia no es posible. En estos casos las biopsias líquidas son una solución ideal para el monitoreo.
Biopsias líquidas. Engloba muestras líquidas como sangre, plasma, orina, saliva. Estas son biopsias no son invasivas. Representan una foto en tiempo real y son menos heterogéneas que las biopsias sólidas. Entre las desventajas que presentan está la baja carga tumoral y las mutaciones presentan baja fracción alélica. Son las muestras ideales para el monitoreo del tumor; es decir, para evaluar la respuesta al tratamiento y la resistencia a fármacos.
Masa anormal de tejido. Los tumores sólidos pueden ser benignos (no cancerosos) o malignos (cancerosos). Los diferentes tipos de tumores sólidos reciben su nombre por el tipo de células que los forman. Los sarcomas, los carcinomas y los linfomas son ejemplos de tumores sólidos. Las leucemias (cáncer de la sangre) por lo general no forman tumores sólidos.